Jest rok 1943. Wschodnie rubieże Rzeczpospolitej zajmowane są raz przez wojska sowieckie, raz przez niemieckie, Ukraińcy zapominają o latach dobrych stosunków i mordują swoich sąsiadów.
Na tym wstrząsającym tle Autor opisuje głęboko wzruszającą historię. Ośmioletni Henryk zostaje oddany przez rodziców do swojego wuja na przezimowanie.
W trakcie zabawy powoduje zaprószenie ognia, od którego zajmuje się cała obora. Przestraszony, w obawie przed karą ucieka. W ten sposób zaczyna się jego wieloletnia niesamowita tułaczka. Przez jakiś czas chłopak błąka się po okolicznych miejscowościach, mieszkając w różnych miejscach i u przypadkowych osób. Po wojnie trafia do Francji, potem do Algierii. Niezwykłe jest, jak wielu ludzi dobrej woli spotyka na swej drodze, a jest to przecież historia prawdziwa.
Przez cały czas Henryk próbuje na wszelkie sposoby odnaleźć swoją rodzinę, która została na Kresach.
Chłopiec z Kresów to losy Henryka, jego rodziny oraz innych bohaterów przedstawione w zbeletryzowanej formie.