W naturze, większość płazów i gadów spędza czas na powierzchni gleby, pod opadłymi liśćmi, lub w norkach, mają więc kontakt ze swoistymi rodzajami mikroklimatów. Nawet gatunki pustynne spędzają gros czasu w norkach, lub zakopane w piasku. Wiele gatunków powinno mieć możliwość kopania norek czy niewielkich kryjówek. Wykorzystywany przy hodowli substrat powinien to umożliwiać.
Tworzenie kryjówek to niezwykle istotna strefa określonych rodzajów mikroklimatów- pozbawiają żółwia tej możliwości, zakłócamy wiele istotnych funkcji samoregulujących.
Jak wynika z obserwacji, zdecydowanie najbardziej skutecznym i bezpiecznym podłożem jest mieszanka gliny z różną ilością miękkiego piasku. Odpowiednie podłoże dla żółwia stepowego, lamparciego, greckiego i lądowego powinno zawierać taką właśnie mieszankę gliny i piasku. Przy czym dla żółwi sucholubnych piasku powinno być więcej, a dla tych tropikalnych mniej piasku, natomiast więcej glinki. W terrarium powinno się zapewnić odpowiednio grubą warstwę substratu. Minimalna warstwa powinna wynosić 5 cm. Substrat to tani, łatwy w czyszczeniu, zapewniający właściwą specyficzną cieplną strefę, biorący udział we współtworzeniu odpowiedniego mikroklimatu składnik. Jest bardzo bezpiecznym rozwiązaniem u wielu rodzajów żółwi. Cała warstwa substratu powinna być wymieniana co kilka tygodni. Natomiast wierzchnią warstwę podłoża należy oczyszczać częściej, aby utrzymać odpowiednią higienę otoczenia zwierzęcia. Jeśli chodzi o połykanie, nie obserwuje się tego problemu. Wystarczy zapewnić w diecie odpowiednią ilość błonnika, aby ewentualnie zjedzona substancja mogła być z łatwością usunięta z organizmu w sposób naturalny.
Jako podłoże można też wykorzystywać włókna kokosowe. Pozyskiwane są z łupiny orzecha kokosowego. Trzeba mieć pewność, że są czyste. Są w 100% naturalne i organiczne, więc jeśli zostanie połknięte przez żółwia, są całkowicie nieszkodliwe. Przed użyciem trzeba je namoczyć, aby zmiękły i spulchniły się.
Ściółka cyprysowa lub kora do storczyków – to również dwie dobre opcje dla większości żółwi, zwłaszcza tych, które pochodzą z wilgotnych terenów.
Hodowla żółwi to, wbrew pozorom, niełatwa sprawa. Są to zwierzęta wymagające. Odpowiedni dobór podłoża to jedynie jeden z elementów, które wpływają pozytywnie na życie i rozwój tych zwierząt. Poza tym należy zapewnić im odpowiednie żywienie, temperaturę i wiele innych.